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L'organisation territoriale du Japon est définie par la loi d'autonomie locale de 1947. Elle subdivise le pays en plusieurs échelons hiérarchisés. Le Japon étant un État unitaire, les juridictions locales dépendent largement, notamment sur le plan financier, du gouvernement central, et dépendent pour ce qui est de la règlementation de leur fonction publique et de leur administration du ministère des Affaires intérieures et des Communications. Ce système fut ainsi qualifié d'« autonomie à 30 % » (三割自治, San wari jichi ).
Les 47 préfectures japonaises (都道府県, todōfuken ), ou départements, forment les plus grandes subdivisions administratives japonaises. Elles regroupent quatre réalités différentes :
Elles ont remplacé les anciennes provinces du Japon à la suite de la restauration de Meiji de 1867.
Les préfectures peuvent être également subdivisées en deux types de subdivisions qui ne constituent pas des entités politiques (elles n'ont ni exécutif, ni conseil élu, mais gèrent administrativement certains services comme l'état civil, la voirie, etc.), mais uniquement administratives et territoriales :
Au , le Japon possédait toujours 1 746 municipalités (市区町村, shikuchōson ) ou communes, mais ce nombre est appelé à être diminué à 1000 selon la loi de fusion des municipalités de 2004. Elle comporte deux types de communes (urbaines et rurales) et quatre statuts :
Les préfectures et les municipalités disposent toutes d'un champ de compétence particulier, d'un exécutif et d'une assemblée élus.
Le chef de l'exécutif est appelé :
Gouverneur et maire sont tous deux élus au suffrage universel direct pour un mandat de 4 ans, et nomment leur vice-gouverneur ou leur maire-adjoint, les dirigeants des bureaux, départements et services qui constituent le gouvernement de leur collectivité, ainsi que ceux des services indépendants mais dépendant de la collectivité (notamment les commissions de l'éducation ou de la sécurité publique) en accord avec l'assemblée locale. Il existe un certain nombre de départements que chaque exécutif est obligé de comporter : affaires générales, finances, affaires sociales, santé, environnement, fiscalité et transports. À ceci s'ajoutent des services optionnels que les collectivités peuvent choisir de créer en fonction de leur besoin : agriculture, pêche, forêts, commerce et industrie.
Le chef de l'exécutif représente sa collectivité auprès du gouvernement central, des autres collectivités, à l'étranger ou devant la justice. Il assure la continuité de l'État et l'application de la loi. Il prépare le budget et peut participer à l'élaboration des ordonnances locales, deux éléments soumis au vote de l'Assemblée. Il peut sinon prendre des décisions règlementaires par le biais de Règlements locaux (規則, Kisoku ), qui eux ne sont pas soumis à confirmation de l'Assemblée.
Les préfectures, villes et arrondissements spéciaux de Tōkyō disposent chacun d'une assemblée (議会, Gikai ), dont les membres sont élus au suffrage universel direct pour un mandat de 4 ans au scrutin majoritaire plurinominal à un tour. Cependant, les bourgs ou villages (notamment les moins peuplés) peuvent décider de remplacer ces conseils élus à leur niveau par une assemblée générale (総会, Sōkai ) réunissant l'ensemble des électeurs de la commune, selon l'article 94 de la loi d'autonomie locale.
Les attributions d'une assemblée locale, et le cas échéant d'une assemblée générale, comportent :