जापान के वन्य जीवन में इसके वनस्पतियों, जीवों और प्राकृतिक आवास शामिल हैं । जापान के द्वीप उत्तर से दक्षिण की ओर लंबी दूरी तय करते हैं और जलवायु क्षेत्रों की एक विस्तृत श्रृंखला को कवर करते हैं। इसके परिणामस्वरूप जापान की एशिया की मुख्य भूमि से अलग होने के बावजूद वन्यजीवों की एक उच्च विविधता है। देश के उत्तर में, ब्लैकिस्टन की रेखा के उत्तर में, कई उपनगरीय प्रजातियां हैं जिन्होंने जापान को उत्तर से उपनिवेशित किया है। दक्षिण में दक्षिण-पूर्व एशियाई प्रजातियां हैं, उष्णकटिबंधीय क्षेत्रों की विशिष्ट। इन क्षेत्रों के बीच समशीतोष्ण क्षेत्र है जो चीन और कोरिया के साथ कई प्रजातियों को साझा करता है। जापान में भी कई स्थानिक प्रजातियां हैं जो दुनिया में कहीं और नहीं पाई जाती हैं।
जापान में भूमि की स्तनधारियों की लगभग 130 प्रजातियाँ पाई जाती हैं। इनमें से सबसे बड़े दो भालू हैं । उससुरी भूरा भालू ( उर्सस आर्कटोस ) होक्काइडो में पाया जाता है जहां यह ऐनू लोगों की संस्कृति में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। एशियाई काले भालू ( उर्सस थिबेटानस ) होंशो, क्यूशो और शिकोकू में पहाड़ी क्षेत्रों का निवास करते हैं। छोटे मांसाहारियों में लाल लोमड़ी ( वल्प्स वुल्फ्स ), एक प्रकार का जानवर कुत्ता और जापानी मार्टन ( मार्टेस मेलैम्पस ) शामिल हैं। जापान में पक्षियों की 600 से अधिक प्रजातियां दर्ज की गई हैं और इनमें से 250 से अधिक नस्लें हैं। पक्षियों की एक संख्या हैं स्थानिक सहित जापानी कठफोड़वा तांबा तीतर और जापान की राष्ट्रीय पक्षी, हरी तीतर ( वर्सिकलर)। कई प्रजातियां ओकिनावा रेल ( गैलिरलस ओकिनावा ), इज़ु थ्रश ( तर्डस सेलेनोप्स ) और बोनिन व्हाइट-आई ( अपालोप्टेरोन फैमिलिएरे ) सहित छोटे द्वीपों के लिए अद्वितीय हैं। अधिकांश गैर-स्थानिक पक्षी चीन के साथ साझा किए जाते हैं लेकिन साइबेरिया या दक्षिण-पूर्व एशिया में कुछ उत्पन्न होते हैं। छिपकली कई स्थानिक प्रजातियों (विशेष रूप से दक्षिणी द्वीपों में) में शामिल हैं, जीवित बच्चा जनने वाली छिपकली (दूर उत्तर होक्काइडो के द्वीप के रूप में के रूप में पाया जाता है), और ओकिनावा चढ़ाई छिपकली। जापान में पाए जाने वाले मीठे पानी के कछुओं में स्थानिक जापानी तालाब कछुआ, रयूकू काले स्तन वाले पत्ता कछुए शामिल हैं । चीनी बॉक्स कछुए केवल जापानी रेंज में इरीओमोटे और इशिगाकी के दक्षिणी द्वीपों पर पाए जाते हैं।