Дешнер је рођен у Бамбергу23. маја1924. године. Одрастао је у католичкој породици (мајка, Маргарета Каролина протестанткиња прешла је у католицизам). Најстарији од троје деце, школовао се у семеништу фрањевачког реда (Franziskanerseminars) у Детелбаху на Мајни, у чијем је самостану једно време и становао.
Гимназију је завршио у Бамбергу код кармелићана. Од 1942. године био је добровољац у падобранским јединицама немачке војске. Неколико пута је рањаван. После рата, закратко, ванредно студира шумарство у Минхену, али од 1946. године на факултету у Бамбергу студира на филозофско-теолошком факултету: право, теологију, филозофију и психологију. Потом, Дешнер прелази у Вирцбург где од 1947. до 1951. студира новију немачку књижевност, филозофију и историју. Докторирао је, 1951. године у Вирцбургу са дисертацијом Лирика Николауса Ленауа као израз метафизичког очајања.
Исте године оженио се са Елфи Туч. Имају троје деце Катју (1951), Бебеа (1958) и Томаса (1959 — 1984).
Иако приповедач, есејиста и књижевни критичар, Дешнер је изнад свега писац дела из историје цркве. Од близу педесет књига, колико је објавио, највећи број наслова посветио је криминалној историји западног хришћанства, која је најављена књигом С Богом и фашистима (1965) а потврђена обимном, мултидисциплинарном и кохерентном студијом у два тома под насловом: Један век историје спасења (1982).
Карлхајнц Дешнер је искључен од Светих тајни5. септембра 1951. али тада није и екскомунициран из римокатоличке вере, па му је црквени порез уредно одбијан све до напуштања папске цркве. Суђено му је, 1971. године, у Нирнбергу због клеветања хришћанства иако се у својим делима превасходно бавио криминалном историјом папства.
Дешнер објављује приче, књижевне критике, есеје, афоризме, и пре свега, текстове из критичке теорије религије и цркве. Годинама не престаје да очарава и провоцира своју публику на више од 2.000 предавања, само до сада.
Немиран и интелектуално знатижељан дух лишио је Дешнера уобичајене универзитетске каријере, па је тек 1987. позван да буде предавач на Универзитету у Минстеру (само током летњег семестра) у оквиру теме о криминалној историји западног хришћанства. Али му је, као јеретику који не болује од моралне лењости, за просветитељски ангажман и књижевни рад додељено пет престижних признања у које спадају и: Арно-Шмит (1988), Међународна награда хуманиста (1993), Алтернативна Бихнерова награда (1993) и Фојербахова награда (2001).
Хришћанство у оценама његових противника, 2. део (Das Christentum im Urteil seiner Gegner, Band 2)1971.
Мука c црквом (Das Kreuz mit der Kirche) 1974.
Црква не-спасења (Kirche des Un-Heils)1974.
Зашто сам хришћанин, атеиста, агностичар (Warum ich Christ/Atheist/ Agnostiker bin) 1977.
Папа путује на место злочина (Ein Papst reist zum Tatort)1981.
Један век историје спасења, 1. део (Ein Jahrhundert Heilsgeschichte, Band 1)1982.
Један век историје спасења, 2. део (Ein Jahrhundert Heilsgeschichte, Band 2)1983.
Увређена црква (Die beleidigte Kirche)1986.
Криминална историја хришћанства, 1. део (Kriminalgeschichte des Christentums, Band 1) 1986.
Ђаволово дело (Opus Diaboli)1987.
Криминална историја хришћанства, 2. део (Kriminalgeschichte des Christentums, Band 2) 1988.
У шта верујем (Woran ich glaube) 1990.
Криминална историја хришћанства, 3. део (Kriminalgeschichte des Christentums, Band 3)1990.
Анти-катехизам (ca Horst Herman) (Der Anti-Katechismus. Mit Horst Herman)1991.
Политика римских папа у 20. веку. Проширено и актуализовано, ново издање књиге „Један век историје спасења“, 1. и 2. део (Die Politik der Päpste im 20. Jahrhundert. Erweiterte, aktualisierte Neuausgabe von "Ein Jahrhundert Heilsgeschichte" I und II)1991.
Намесници Божји (Die Vertreter Gottes) 1994.
Криминална историја хришћанства, 3. део (Kriminalgeschichte des Christentums, Band 4)1994.
Светски рат религија: Вечити крсташки рат на Балкану. (Koautor Milan Petrovic) (Weltkrieg der Religionen: Der ewige Kreuzzug auf dem Balkan. Mit Milan Petrovic)1995.
Криминална историја хришћанства, 5. део (Kriminalgeschichte des Christentums, Band 5)1997.
Топлес (Oben ohne)1997.
Криминална историја хришћанства, 6. део (Kriminalgeschichte des Christentums, Band 6)1999.
Између клечања и проклетства. Роберт Мехлер, верујући антихрист (Zwischen Kniefall und Verdammung. Robert Mächler. Ein gläubiger Antichrist)1999.
Мементо! (Memento!)1999.
Криминална историја хришћанства, 7. део (Kriminalgeschichte des Christentums, Band 7)2002.