У УЕФА Лиги Европе 2009/10. учетвују 193 представника 53 национална савеза УЕФА. Број екипа из појединог савеза одређује се према УЕФА лига коефицијенту. Победнику последњег Купа УЕФА Шахтјор Доњецк има обезбеђено место у групи, чак иако не добије место преко своје домаће лиге.
Квалификациона шема Лиге Европе 2009/10.
Савези рангирани од 1 до 6 ће имати по 3 клуба у квалификацијама
Савези рангирани од 7 до 9 ће имати по 4 клуба у квалификацијама
Савези рангирани од 10 до 53 ће имати по 3 клуба (осим Лихтенштајна, Андоре и Сан Марина који ће имати по 1 клуб)
Распоред екипа
Прво коло квалификација (46 екипа)
14 другопласираних екипа из савеза рангираних од 37-51 (изузев Линхенштајна)
29 трећепласираних екипа из савеза рангираних од 22-51 (изузев Линхенштајна)
3 екипе победника у Фер плеју
Друго коло квалификација (80 екипа)
23 екипе победнице из првог кола
24 победника националних купова из савеза ранцираних од 30-53
18 другопласираних екипа из сваза рангираних од 19-36
6 трећепласираних екипа из савеза рангираних од 16-21
6 четвртопласираних екипа из савеза рангираних од 10-15
3 петопласиране екипе из савеза рангираних од 7-9
Треће коло квалификација (70 екипа)
40 победника другог кола квалификација
12 победника купова из савеза рангираних од 18-29
3 другопласиране екипе из савеза рангираних од 16-18
6 трећепласираних екипа из савеза рангираних од 10-15
3 четвртопласиране екипе из савеза рангираних од 7-9
3 петопласиране екипе из савеза који су рангирани 4-6 (победник Франвуског Лига купа)
3 шестопласиране екипе из савеза рангираних 1-3
Плеј оф коло(76 тимова)
35 победника из трећег кола квалификација
17 победника купа из савеза рангираних од 1-17
3 трећепласиране екипе из савеза рангираних од 7-9
3 четртопласиране екипе из савеза рангираних од 4-6
3 петопласиране екипе из савеза рангираних од 1-3
15 поражених у Лиги шампиона 2009/10. треће коло квалификација
Групна фаза (48 екипа)
38 победника из плеј оф кола
10 поражених из Плеј офа Лиге шампиона 2009/10.
Финална фаза (32 клуба)
12 победника из групне фазе
12 другопласираних из групне фазе
8 трећепласираних екипа из групне фазе Лиге шампиона 2009/10.
Жреб за групну фазу одржан је у Монаку28. августа2009.. У такмичењу учествује 48 клубова од који је 38 из плеј офа ове Лиге и 10 клубова који су поражени у лолу плеј офа Лиге шампиона 2009/10.. Клубови су подељени у 12 група по четири. Такмичење ће почети 17. септембра и трајати до 17. децембра2009.
Жреб за шеснестину финала УЕФА купа одржан је у петак 18. децембра у Ниону у Швајцарској. Према правилима у овом делу такмичења играју првопласирани из такмичења по групама и четири боље трећепласиране екипе из Лиге шампиона, против другопласираних екипа и четири слабије трећепласиране екипе из Лиге шампиона. У шеснаестини финала не могу се састати клубови из истих земаља, као и они који су били у истим групама. Утакмице су игране 16/18. фебруара и 23/25. фебруара2010.
Жреб за осмину финала обављен је истога дана када су жребани парови шеснаестине финала 18. децембра2009. Утакмице су игране 11 и 18. марта2010. године.