La micologia (del grec, mýkes "fong, bolet" + lógos "tractat"), és la ciència que estudia els fongs, les seves propietats genètiques i bioquímiques, la seva taxonomia, i la seva utilitat per l'home com a font de medicaments (vegeu penicil·lina) i aliment (cervesa, vi, formatge, bolets), així com els seus perills, com ara emmetzinaments o infeccions. La Micologia és molt pròxima a la botànica i està relacionada estretament, junt amb la microbiologia i la parasitologia, amb la fisiopatologia: l'estudi de les malalties. Els llevats són els fongs més estudiats.
Un biòleg especialitzat en micologia s'anomena micòleg.
Els antics no varen deixar cap document veritablement científic sobre els fongs. En el cas de Plini el Vell ens resta la seva Historia naturalis i en Dioscòrides Pedaci la menció d'ús terapèutic de diversos fongs recollida en la seva obra De re medica. Aquests texts només mencionen una vintena d'espècies però van deixar els termes que han perdurat fins avui com Myco, Amanita, Boletus o Tuber.
L'estudi dels bolets es remunta al segle xvi amb :
L'estudi científic dels bolets comença amb el suec Linaeus (1707 - 1778) i la seva obra Species plantarum (1753), encara que els bolets no ocupen un lloc veritablement separat de la resta de plantes. Va ser el botànic francès Paulet (1740-1826) el primer a proposar (el 1795) la paraula « micologia » terme que s'imposà davant de fungologia).
La primera obra consagrada totalment als bolets va ser publicada el 1801 pel sud-africà Persoon (1755-1837) (Synopsis methodica fungorum), però és més important l'obra d'un altre suec, Fries (1794-1878), que publicà Systema Mycologicum entre 1821 i 1832; després el treball de Saccardo (1845-1920) publicà una monumental classificació científica a finals del segle xix Sylloge fungorum omnium hucusque cognitorum.
La taxonomia és la ciència que té per objecte descriure i definir les espècies i reagrupar-les en entitats anomenades tàxons, gèneres, tribus, famílies, etc, a fi de poder-les donar nom i classificar-les.
La sistemàtica és la ciència que té per objecte donar nom i classificar els tàxons en un cert ordre.
La sistemàtica de la micologia està privada d'un gran nombre de mitjans que sí que tenen altres branques de la història natural, ja que a més de trobar-se els bolets de forma gairebé capriciosa exigeixen l'observació in vivo i poques espècies es poden cultivar.
La taxonomia dels fongs està sotmesa a una jerarquia similar a la de les plantes, els diversos sufixos permeten visualitzar la categoria taxonòmica. El cim de la jerarquia és el domini (eucariotes), seguit del regne (Fungi o fongs), la resta de la nomenclatura es fa segons les terminacions llatines següents :
Segueix el gènere i l'espècie (amb possibles subespècies, varietats, subvarietats, formes, subformes, forma especial, raça).
Fins als anys 1990, es classificava els fongs en quatre divisions : Gymnomycota, Deuteromycota, Mastigomycota, Mastigomycota. Avui hi ha quatre divisions però no són les mateixes : Chytridiomycota, Zygomycota, Ascomycota, Basidiomycota.