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Als Lyzeum wurde im Königreich Bayern eine sich an das Gymnasium anschließende Einrichtung für philosophische und theologische Studien mit akademischem Rang bezeichnet.
Ein bayerisches Lyzeum ähnelte, was seine Aufgaben betraf, den entsprechenden Fakultäten einer Universität. In erster Linie wurden an den Lyzeen zukünftige Priester wissenschaftlich ausgebildet, doch standen sie bis ins 19. Jahrhundert hinein auch anderen Studenten offen.
Anders als die klassischerweise mit mindestens vier Fakultäten (Philosophie, Theologie, Jura und Medizin) ausgestatteten Universitäten bestanden die Lyzeen in der Regel aus einer philosophischen und einer theologischen Abteilung. Die Lyzeen durften keine akademischen Grade (Promotion, Habilitation) verleihen und verfügten bei nur sehr wenigen Selbstverwaltungsrechten über eine schulähnliche Studien-, Prüfungs- und Disziplinarordnung. Akademische Freiheit kannten sie zunächst nicht.
Im 20. Jahrhundert wurden die Lyzeen in „Philosophisch-theologische Hochschulen“ umgewandelt. Zwischen 1966 und 1978 wurden alle philosophisch-theologischen Hochschulen in Bayern abgebaut beziehungsweise als katholisch-theologische Fakultäten oder Fachbereiche in neu gegründete Universitäten und Gesamthochschulen eingegliedert.