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Die Autonome Orthodoxe Kirche Bessarabiens (rumänisch Biserica Ortodoxă Autonomă a Basarabiei) ist die dem Bukarester Patriarchat unterstehende östlich-orthodoxe Kirche in der Republik Moldau. Sie hat ihren Sitz in der St.-Teodora-de-la-Sihla-Kathedrale in Chișinău.
Bereits vor 1944 waren die orthodoxen Kirchen in Bessarabien dem Bukarester Patriarchen unterstellt. Doch nach der Annexion Bessarabiens durch die Sowjetunion mussten sie Teil des Moskauer Patriarchats werden.
1992 kam es zu Konflikten, als ein großer Teil der orthodoxen Priester in Moldau sich wieder zu der rumänienorientierten Orthodoxen Kirche Bessarabiens bekannte. Die sich an Moskau anlehnende Regierung in Chișinău (Hauptstadt Moldaus) unterstützte das Moskauer Patriarchat. 2001 wurde die moldauische Regierung vom Europäischen Gerichtshof für Menschenrechte wegen Verletzung der Religionsfreiheit verurteilt. Der Orthodoxen Kirche Bessarabiens gehörten 2004 circa 20 % der orthodoxen Gemeinden der Republik Moldau an.
In Moldau ist die Metropolie Bessarabien (rumänisch Mitropolia Basarabiei) der rumänisch-orthodoxe Kirche in folgenden Eparchien unterteilt: