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Historiquement, Cebus incluaient tous les sapajous. Des études phylogénétiques récentes ont démontré que les espèces du groupe de Cebus apella s'étaient séparées de celles du groupe de Cebus capucinus au Miocène déjà. Elles ont donc été replacées dans un genre à part, Sapajus,.
↑(en) Jessica W. Lynch Alfaroet al., « Explosive Pleistocene range expansion leads to widespread Amazonian sympatry between robust and gracile capuchin monkeys », Journal of Biogeography, vol. 39, no 2, , p. 272–288 (DOI10.1111/j.1365-2699.2011.02609.x)
↑(en) Jessica W. Lynch Alfaro, José de Sousa e Silva Jr. et Anthony B. Rylands, « How Different Are Robust and Gracile Capuchin Monkeys? An Argument for the Use of Sapajus and Cebus », American Journal of Primatology, vol. 74, no 4, , p. 1–14 (PMID22328205, DOI10.1002/ajp.22007)