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Le championnat d'Algérie de football 2008-2009 est la 47e édition du championnat d'Algérie de football. Cette édition, organisée avec 17 participants, est notamment perturbée par l'« affaire RCK-FAF ».
L'ES Sétif remporte son quatrième titre de champion d'Algérie.
Cependant, le , le RC Kouba intègre la 1re Division sur décision du Tribunal arbitral du sport,. Le championnat passe alors de 16 à 17 participants et le calendrier doit être réaménagé. En effet, étant donné que la compétition a débuté depuis près de deux mois et que sept journées de championnat ont déjà été jouées, la Ligue nationale de football se voit obligée d'adopter un nouveau calendrier. Ce dernier est publié le 4 novembre, soit trois mois après l'entame de la compétition. Le RC Kouba commence sa saison avec 10 matchs en retard. Les modalités de relégation se voient également modifiées puisque deux clubs seulement seront relégués en fin de saison, contre trois, lors des cinq éditions précédentes. La décision d'intégrer le RCK en Division 1 implique aussi la modification du classement de la dernière saison de Division 2.
La Supercoupe d'Algérie de football 2008 opposant la JS Kabylie, champion d'Algérie a la JSM Béjaia, vainqueur de la coupe d'Algérie a été prévue en mois de , mais la grande rencontre n'est pas eu lieu a cause de la direction des kabyle qu'ils ont déclaré forfait à la dernière minute mais aussi du retard du Stade du 5-Juillet-1962 qui était encore en rénovation.