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Une exotoxine est une toxine produite par une bactérie en général une protéine ou un peptide.
Elle s'oppose à l'endotoxine, qui est une molécule de la membrane externe, le lipopolysaccharide.
Les exotoxines sont produites par de nombreuses bactéries et le plus souvent sont sécrétées lors de la croissance bactérienne.
Les dénominations « exo-/endotoxine » sont aujourd'hui obsolètes et abandonnées[réf. nécessaire].
Les toxines bactériennes protéiques sont très variées et leur classement est très difficile. Citons des hémolysines, des superantigènes (comme les "entérotoxines" staphylococciques), des neurotoxines comme la toxine botulique sécrétée par Clostridium botulinum, la tétanospamine sécrétée par Clostridium tetani, des toxines inhibant la synthèse des protéines (toxine diphtérique)…
On classe généralement les exotoxines en 3 types, bien qu'il existe d'autres systèmes de classification :
Certaines exotoxines peuvent être traitées par action du formol (méthanal) à 40 °C et devenir des anatoxines ayant perdu leur pouvoir toxique en conservant le pouvoir antigénique. Elles deviennent ainsi des vaccins capables de provoquer la production d’anticorps neutralisants chez l'individu traité (vaccins antidiphtérique, antitétanique, antibotulinique).