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Le polygénisme était une théorie qui prétendait que l'humanité était en fait divisée en espèces ou en races d'origines différentes. Il s'opposait au monogénisme, théorie défendue notamment par l'Église catholique et selon laquelle un seul couple est à l'origine de l'espèce humaine (voire notamment Adam et Ève).
Attention à certains risques de confusion sémantique : on qualifie aussi de polygénique une maladie ou un état particulier impliquant plusieurs gènes.
La découverte des autochtones d'Amérique, contrarie la thèse de l'unité du genre humain que soutient l'Église.[réf. nécessaire]
Le polygénisme est annoncé dès le XVIIe siècle par la théorie préadamite d'Isaac La Peyrère.
Il est défendu au XVIIIe siècle par des philosophes des Lumières comme Voltaire pour s'opposer à l'Église catholique et au récit biblique dans lequel la terre est peuplée par les descendants d'Adam :
Certains historiens ont suggéré que le soutien de Voltaire au polygénisme était dû à ses investissements financiers dans les entreprises coloniales françaises, notamment la Compagnie française des Indes.
Le chirurgien de marine John Atkins (1685-1757) inaugure le polygénisme scientifique : il se dit convaincu que les « races » blanches et noires descendent à l'origine de premiers parents de couleurs différentes.
Le polygénisme se développe en France au XIXe siècle avec Jean-Baptiste Bory de Saint-Vincent, Louis-Antoine Desmoulins (1796-1828) élève de Georges Cuvier et Julien-Joseph Virey.
En 1858, Georges Pouchet publie De la pluralité des races humaines.
Darwin est sans ambiguïté monocentriste, pour lui, toutes les « races » ont une origine commune.
Le polygénisme se trouve au fondement des théories racistes du XIXe siècle et du XXe siècle.
La mise en évidence de la faible diversité génétique des populations actuelles, signe d'un ancêtre commun récent, a conforté la thèse opposée du monogénisme devenu largement dominant,.