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Fils de Severo Manuel Ochoa, avocat et homme d'affaires, et de Carmen de Albornoz, Severo Ochoa est le neveu d'Alvaro de Albornoz(en), président de la République espagnole en exil de 1940 à 1945, et un cousin de la poétesse et critique littéraire Aurora de Albornoz.
Son père meurt quand il a sept ans et sa mère s'installe à Malaga, où il fréquente l'école primaire et secondaire. Son intérêt pour la biologie est stimulé par les publications du neurologue et prix Nobel espagnol Santiago Ramón y Cajal.
(en) Biographie sur le site de la fondation Nobel (le bandeau sur la page comprend plusieurs liens relatifs à la remise du prix, dont un document rédigé par la personne lauréate — le Nobel Lecture — qui détaille ses apports)