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Nella stagione 1998-1999 il Genoa disputa il campionato di Serie B, raccoglie 46 punti con il dodicesimo posto in classifica. Il grifone inizia il torneo cadetto con l'allenatore Bepi Pillon, ma nelle prime quattro giornate vince una sola volta a Monza (0-2) a fronte di tre sconfitte, inducendo il presidente Massimo Mauro a puntare dai primi di ottobre, sul tecnico Gigi Cagni. Anche il nuovo allenatore non riesce a dare una svolta alla stagione, i rossoblù chiudono l'andata con 21 punti, in una zona tranquilla di classifica, ma lontana dalle zone nobili, alle quali aspirava alla vigilia del torneo. Anche il girone di ritorno non offre spunti particolari, chiuso comunque lontano cinque punti dalle sabbie mobili della classifica. Per volontà dell'azionista Gianni Scerni, nel luglio 1998 il club riassume la storica denominazione Genoa Cricket and Football Club, che aveva nel 1893, nell'atto di fondazione. Due i rossoblù in doppia cifra come marcatori stagionali, Cosimo Francioso autore di 18 reti e Marco Nappi con 10 centri. Nella Coppa Italia il Genoa nel doppio confronto del primo turno supera la Ternana, mentre nei sedicesimi di finale viene estromesso dal torneo dal Parma, che si impone in entrambi i confronti.