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Il Southern blotting è una metodologia usata in biologia molecolare per rilevare la presenza di specifiche sequenze di DNA in una miscela complessa. Prende il nome dal suo inventore, Edwin Mellor Southern.
Altri metodi di rilevamento (vale a dire, western blot, northern Blot, eastern blot, southernwest Blot) che impiegano principi simili, ma utilizzando RNA o proteine, sono stati successivamente denominati in riferimento al nome di Edwin Southern. Poiché il metodo è omonimo al biologo, Southern è in maiuscolo come è convenzionale dei nomi propri; i nomi di altri metodi di rilevamento sono in minuscolo per analogia a questa convenzione.
L'ibridazione della sonda sul frammento di DNA specifico sulla membrana del filtro indica che questo frammento contiene una sequenza di DNA complementare alla sonda. La fase di trasferimento del DNA dal gel di elettroforesi a una membrana consente un facile legame della sonda di ibridazione marcata con il DNA frazionato per dimensione. Consente inoltre il fissaggio degli ibridi sonda-target, necessari per l'analisi mediante autoradiografia o altri metodi di rilevazione. I Southern blots eseguiti con DNA genomico digerito da enzimi di restrizione possono essere utilizzati per determinare il numero di sequenze (ad esempio copie di geni) in un genoma. Una sonda che si ibrida solo per un singolo segmento di DNA che non è stato tagliato dall'enzima di restrizione produrrà una singola banda in un southern blot, mentre si osserveranno più bande quando la sonda si ibrida con diverse sequenze molto simili (ad esempio, quelle che può essere il risultato della duplicazione della sequenza). La modifica delle condizioni di ibridazione (ad esempio, aumento della temperatura di ibridazione o riduzione della concentrazione di sale) può essere utilizzata per aumentare la specificità e ridurre l'ibridazione della sonda in sequenze simili al 100%. Successivamente allo step di ibridazione della sonda vengono utilizzati dei trattamenti con soluzioni a diversa concentrazione di sali sotto diverse condizioni di temperatura. Elevate concentrazioni saline e basse temperature favoriscono il mantenimento di ibridi poorly matched, mentre trattamenti a basse concentrazioni saline e temperature elevate permettono di visualizzare solo ibridi perfect matched. Modulando i parametri di temperatura, concentrazione salina e tempistiche di trattamento andiamo a modificare la stringenza, dove alta stringenza (es 15min, 0,1%SSC, 0,1%SDS, 68 °C) identifica un trattamento atto a mantenere solo gli ibridi perfect matched, mentre trattamenti a bassa stringenza (es 5min 2%SSC, 0,1%SDS, T° ambiente) permettono di mantenere anche ibridi con mismatch.
L'ibridazione del Southern Blotting può essere utilizzata per la clonazione basata su omologia della sequenza aminoacidica del prodotto proteico del gene bersaglio. Gli oligonucleotidi sono progettati in modo tale da essere simili alla sequenza target. Gli oligonucleotidi sono sintetizzati chimicamente, radiomarcati e usati per screenare una libreria di DNA o altre raccolte di frammenti di DNA clonati. Le sequenze che si ibridano con la sonda di ibridazione vengono ulteriormente analizzate, ad esempio, per ottenere l'intera sequenza di lunghezza del gene bersaglio.
Il Southern blot può anche essere utilizzato per identificare siti metilati in determinati geni. Particolarmente utili sono le nucleasi di restrizione MspI e HpaII, entrambe le quali riconoscono e si dividono all'interno della stessa sequenza. Tuttavia, HpaII richiede che una C all'interno di quel sito sia metilata, mentre MspI scinde solo il DNA non metilato in quel sito. Pertanto, tutti i siti metilati all'interno di una sequenza analizzata con una sonda particolare saranno scissi dal primo, ma non dal secondo, enzima.
Successivamente all'invenzione del Southern blotting vennero elaborate altre tecniche simili, che per una sorta di scherzo tra scienziati, vennero designate con aggettivi riferiti ai punti cardinali, in analogia con il Southern blotting, che trae però il nome dall'inventore: Edwin Mellor Southern.