Španska inkvizicija je naziv za inkviziciju koja je djelovala u Španiji pod kontrolom španskog kralja. Njen glavni zadatak je bio sprovoditi politiku čistoće krvi (šp. Limpieza de sangre), odnosno motriti da se potomci Jevreja i muslimana pokrštenih nakon rekonkviste ne vrate vjeri svojih predaka.
Djelovala je od kraja 15. vijeka do godine 1834. Njen modus operandi je uključivao zvjerska mučenja, javna pogubljenja i brutalno suzbijanje svake kritike službene crkvene doktrine. Imala je glavnu ulogu u protjerivanju Jevreja i muslimana iz Španije. Centralna figura španske inkvizicije bio je kardinal de Torquemada, ispovjednik kastiljanske kraljice Izabele. Inkvizicija je u početku radila neovisno od državne vlasti i službenih crkvenih vlasti, koje su joj u mnogome bile i podredene, no vremenom sa njenim jačanjem svjetovni vladari Španije pokušali su je staviti pod svoju kontrolu i donekle su to i uspjeli.
Zbog svega toga je došla na zao glas i njeno djelovanje se danas često uspoređuje sa staljinističkim čistkama i Holokaustom u 20. vijeku, iako službeni podaci pokazuju da je broj žrtava bio daleko manji (do 3000). Između 1480. i 1530. dokumentirano je do 2000 pogubljenja, a od 1540. do 1700. godine još 826 slučajeva.