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Les Xindis sont, dans la série Star Trek, une alliance de cinq espèces à savoir les Aquatiques, les Insectoïdes, les Arboréaux, les Primates ou Humanoïdes et les Reptiliens. Selon Gralik Durr, une sixième espèce, les Avians, est considérée éteinte depuis l'époque des guerres Xindi.
Ces espèces, qui ont toutes évolué sur la même planète Xindus (aujourd'hui détruite), ont des crêtes caractéristiques sur leur front et leurs joues.
Les différentes espèces de Xindi se sont combattues pour le contrôle de Xindus, provoquant la disparition des Avians. Finalement, les Reptiliens et les Insectoïdes forgèrent une alliance qui eut pour résultat la destruction de leur planète-mère. C'est ainsi que commença l'ère que les Xindis nomment « la Grande Diaspora ».
Les espèces Xindis qui avaient survécu à la destruction de Xindus se déclarèrent la paix et commencèrent à travailler ensemble pour trouver et établir un nouveau monde natal. Bien sûr, ils furent incapables de s'entendre et de vivre ensemble sur la même planète et c'est à cette époque qu'ils furent contactés par des êtres transdimensionnels, « les Gardiens » qui suggérèrent aux Xindis de créer un « Conseil des Xindis » (qui se constitue de deux membres représentatifs par espèce).
Dans les années 2140, les Gardiens contactèrent le Conseil des Xindis pour l'informer qu'au XXVIe siècle, l'humanité détruirait leur nouveau monde natal et utilisèrent les Xindis comme outils dans la guerre froide temporelle. Les Xindis entreprirent alors la construction d'une arme pour détruire la Terre. Un test de prototype de cette technologie Xindi a été testée sur la Terre entraînant sept millions de morts.
La Terre répondit à cette attaque en envoyant l'Entreprise NX-01, commandé par Jonathan Archer, pour empêcher les Xindis d'envoyer leur arme finale. À cette époque, la technologie Xindi est plus avancée que celle de Starfleet : les Xindis possèdent la technologie de distorsion mais surtout la capacité de créer des portails sub-spatiaux qui leur permettent de voyager très rapidement.
Jonathan Archer, commandant de l'Entreprise NX-01, révéla aux Xindis que leurs "Gardiens" étaient en réalité les constructeurs de Sphères de l'Étendue Delphique et que ceux-ci utilisaient ces sphères pour altérer les lois physique de notre univers pour les rapprocher de celles de leur dimension. Archer parvint à rallier à sa cause les Primates, les Arboricoles et les Aquatiques du Conseil Xindi. Par contre, les Reptiliens et les Insectoïdes quittèrent le Conseil Xindi et lancèrent l'arme.
L'Entreprise et ses alliés Xindis réussirent à détruire l'arme juste avant qu'elle n'atteigne la Terre. Ils réussirent aussi à détruire les Sphères de l'Expansion Delphique, mettant fin aux projets des Gardiens. Les Insectoïdes réintégrèrent le Conseil Xindi après s'être aperçus que les dires d'Archer étaient vrais. Ce qui rendit les Xindis reconnaissants vis-à-vis de l'Entreprise NX-01 puisque cela avait permis de les réunir.