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Nato a Padova nel 1533, primogenito di un'antica e nobile famiglia, ereditò dal padre Giulio il titolo di conte palatino; è considerato il massimo esponente dell'Aristotelismo padovano.
Per l'anno accademico 1563-64 ottenne, succedendo al Tomitano, la prima cattedra di logica nello Studio padovano, che tenne fino all'anno accademico 1567-68 incluso. Per l'anno accademico 1568-69 ottenne la seconda cattedra (ma, propriamente, parificata in quell'anno e nei successivi otto con la prima cattedra) di filosofia naturale straordinaria e per l'anno accademico 1577-1578 ottenne la prima cattedra di filosofia naturale straordinaria, che tenne fino all'anno accademico 1584-85 incluso. Per l'anno accademico 1585-86 ottenne la seconda cattedra di filosofia naturale ordinaria, che tenne fino al 1589.
Declinò l'invito del re Stefano Báthory di insegnare in Polonia, ma gli dedicò il suo scritto più importante, l'Opera logica, stampata a Venezia nel 1578.
Nel 1580 furono pubblicate a Padova le sue Tabulae logicae, e nel 1582, a Venezia, il suo commento agli Analitici II di Aristotele.
Nel 1586 e nel 1590 apparvero rispettivamente le sue due ultime opere, la De naturalis scientiae constitutione e i De rebus naturalibus; postumi comparvero i suoi commenti incompiuti alla Fisica e al De anima di Aristotele. Morì nella città natale, a cinquantasei anni, nel 1589.
Opera Physica, Francoforte, 1602, ristampa anastatica a cura di Marco Sgarbi, Verona, 2009
De generatione et corruptione et Meteorologica commentarii, Francoforte, 1602
In tres libros Aristotelis De anima commentarii, Venezia, 1605
Edizioni moderne e traduzioni
Iacobus Zabarella, Tables de logique. Sur l'Introduction de Porphyre, les Catégories, le De l'interprétation et les Premiers Analytiques d'Aristote: Petite synopse introductive à la logique aristotélicienne, L'Harmattan, Parigi, 2003, tradotto da Michel Bastit
Giacomo Zabarella, De mente agente e De rebus naturalibus liber XXIX, a cura di J. M. García Valverde, «Fragmentos de Filosofía», 9 (2011)
Giacomo Zabarella, De sensu agente e De rebus naturalibus liber XXIV, a cura di J.M. García Valverde, «Rivista di Storia della Filosofia», 2012
Giacomo Zabarella, De inventione aeterni motoris e De rebus naturalibus liber IV, a cura di J.M. García Valverde, Bruniana & Campanelliana, 2012
Jacques Zabarella, La nature de la logique, Vrin, Parigi, 2009, testo latino e traduzione francese a fronte di Dominique Bouillon
Jacopo Zabarella, On Methods e On Regressus, Harvard University Press, Hervard, 2013, testo latino e traduzione inglese a fronte di John P. McCaskey
Volume 1, On Methods,Libri I–II.
Volume 2, On Methods, Libri III–IV e On Regressus.
Bibliografia
E. Berti, Metafisica e dialettica nel Commento di Giacomo Zabarella agli Analitici posteriori, in «Giornale di metafisica», 14, 1992
F. Bottin, La teoria del regressus in Giacomo Zabarella, in C. Giacon (a cura di), Saggi e ricerche, Padova, 1972
F. Bottin, Nota sulla natura della logica in Giacomo Zabarella, in «Giornale Critico della filosofia Italiana», 54, 1973
E. Cuttini, Natura, morale e seconda natura nell'aristotelismo di Giacomo Zabarella e John Case, Padova, 2014.
M. Dal Pra, Un'oratio programmatica di G. Zabarella, in «Rivista critica di storia della filosofia», 21, 1966
G. Papuli, Dal Balduino allo Zabarella e al giovane Galilei: scienza e dimostrazioni, in «Bollettino di storia e filosofia», 10, 1992
A. Poppi, La dottrina della scienza in Giacomo Zabarella, Padova, 1972
A. Poppi, Introduzione all‘aristotelismo padovano, Padova 1991
A. Poppi, Ricerche sulla teologia e la scienza nella Scuola padovana del Cinque e Seicento, Rubbettino, Soveria Mannelli, 2001
P. Rossi, Aristotelici e moderni: le ipotesi e la natura, in Aristotelismo veneto e scienza moderna, Padova, 1983
G. Tonelli, Zabarella ispiratore di Baumgarten, o l'origine della connessione tra estetica e logica, in Da Leibniz a Kant, Napoli, 1987, pp. 137-146.