Er bod y term anffyddiaeth yn deillio o'r 16g, ac er na phroffeswyd anffyddiaeth yn agored tan ddiwedd y 18g, mae gan syniadau, credoau a dylanwad gwleidyddol anffyddiaeth hanes eang a hirfaith. Mae anffyddiaeth athronyddol yn ymddangos yn y 5ed a 6goedd CC, yn Ewrop ac Asia.
Yn y dwyrain pell cafwyd pobl yn byw bywyd o fyfyrdod nad oedd wedi yn canolbwyntio ar dduwiau, yn ystod y 6g CC, gyda dyfodiad Jainiaeth, Bwdhaeth, rhai agweddau o Hindŵaeth yn India, a Thaoaeth yn Tsieina.
Er bod y crefyddau hyn yn cynnig llwybr athronyddol lle nad oes angen addoli duwiau, mae agweddau o draddodiad gwerin megis addoli duwiau yn rhan o arferion llawer o enwadau. Ymddengys fod y Tripiṭaka, rhai o ysgrifau hynaf Bwdhaeth, yn derbyn cysyniad megis bodau dwyfol, aileni, nefoedd ac uffern. Er nad ystyrir duwiau yn angenrheidiol er mwyn cyrraedd nod iachawdwriaeth mewn Bwdhaeth gynnar, ni chafodd bodolaeth duwiau ei gwestiynu.
Un farn gyfoes yw nad Siddhartha Gautama oedd yn gyfrifol am elfennau goruwchnaturiol Bwdhaeth, a'u bod yn ychwanegiadau diweddarach. Yn wir, mynegwyd barn o'r fath yn yr 18g yn Japan ymysg athronwyr o Ysgol Kaitokudō (懐徳堂) a hyrwyddai fath o anffyddiaeth, gan honni mai gorliwiadau ffuglennol oedd yr elfennau goruwchnaturiol yn llawysgrifau hynafol Bwdhaeth, Shintoaeth, Taoaeth a Chonffiwsiaeth. Daeth Nakamoto Tominaga (富永仲基, 1715-1746) i'r casgliad mai ymysg y nifer helaeth o lawysgrifau Bwdhaidd Mahayana, dim ond rhan o'r Agama Sutra sy'n cynnwys geiriau Siddhartha Gautama ei hun. Caiff y ddadl hon ei dderbyn gan athronwyr cyfoes, sy'n tybio mai'r Dhammapada, dwy bennod olaf Sutta Nipata yn y Pali Tripitaka a'r darn cyfatebol yn yr Agama Sutra yn y Sanskrit Tripitaka, ac ychydig o bytiau o lawysgrifau eraill, yw'r cyfansoddiadau hynaf. Mae'r farn hon, a ddisgrifir fel damcaniaeth an-Fwdhaidd Mahayana (大乗非仏説) wedi achosi dadleuon parhaol ym Mwdhaeth Japaneaidd.
Er bod Jainiaid yn ystyried eu traddodiad i fod yn un tragwyddol, gellir dyddio Jainiaeth yn ôl i Parshva a fu fyw yn ystod y 9fed ganrif CC, ac yn fwy dibynadwy i Mahavira, athro'r 6ed ganrif CC, a chyfoeswr Bwdha. Mae Jainiaeth yn grefydd ddeuol mewn bydysawd sy'n cynnwys mater ac eneidiau. Mae'r bydysawd a'r mater a'r eneidiau oddi fewn iddi yn dragwyddol, a heb ei greu, does dim duw creawdwr hollalluog mewn Jainiaeth. Ond ceir duwiau ac ysbrydion eraill o fewn y bydysawd, ac mae'r Jainiaid yn credu'r gall enaid ennill dduwoliaeth.
O fewn yr ysgolion astika ("uniongred") o athroniaeth Hindŵ, Nid oedd y Samkhya na'r ysgol gynnar Mimamsa yn derbyn bodolaeth duw-greawdwr yn eu systemau.
Ysgrifennwyd prif destun yr ysgol Samkhya, y Samkhya Karika, gan Ishvara Krishna yn y 4g. Mae'r ysgol yn tarddu o gyfnod llawer cynt, ond mae ei hanes eisoes yn chwedlonol. Roedd yr ysgol yn un ddeuol ac anffyddiol, roeddent yn credu mewn bodolaeth Prakriti ("natur") a Purusha ("ysbryd") nid oedd lle ar gyfer Ishvara ("Duw") yn eu system, gan ddadlau na ellid profi bodolaeth Ishvara, ac felly ni ddylid cyfaddef ei fodolaeth. Samkhya oedd yr ysgol Hindŵ ddominyddol, ond dirywiodd erbyn y 10g, er i sylwadau gael eu hysgrifennu hyd yr 16g.
Purva Mimamsa Sutras y Jaiminiaid yw testun sylfaenol ysgol Mimamsa (tua 3 CC - y ganrif gyntaf CC). Cyrhaeddodd yr ysgol ei uchafbwynt tua 700, a bu ganddo ddylanwad dominyddol bron ar ddysgedigion Hindŵaidd yn yr Oesoedd Canol cynnar. Prif ymholiad ysgol Mimamsa oedd â natur dharma yn seiliedig ar ddehongliad cul o'r Vedas. Defodaeth, gwrth-asgetigiaeth a gwrth-gyfriniaeth oedd ei deilliadau craidd. Roedd yr ysgol Mimamsa gynnar yn credu mewn adrishta ("anweledig") a oedd yn ganlyniad o wneud karmâu ("gweithiau"), ac ni welsant angen Ishvara ("Duw") yn eu system. Mae Mimamsa yn parhau o fewn rhai o is-ysgolion Hindŵaeth heddiw.
Deilliodd yr ysgol athronyddol gwbl faterol a gwrth-grefyddol Cārvāka o India gyda'r Bārhaspatya-sūtrâu (y blynyddoedd olaf cyn Crist). Datblygodd yr ysgol o amheuaeth gyffredinol yn ystod y cyfnod Mauryaidd. Roedd Ajita Kesakambalin eisoes wedi cael ei ddyfynnu mewn ysgrifau Pali gan y Bwdhyddion a'u trafodai, yn y 6ed ganrif CC, gan ddweud "pan gaiff y corff ei dorri, caiff y doeth a'r ffôl ill dau eu difodi. Nid ydynt yn bod ar ôl iddynt farw." Adnabyddir athroniaeth Cārvākaidd heddiw yn bennaf am ei wrthwynebwyr Astika a Bwdhaidd. Prif amcanion Cārvākan, yn ôl y ffynonellau hyn, oedd byw bywyd ffyniannus, hapus, cynhyrchiol yn y byd hwn. Weithiau caiff Tattvopaplavasimha Jayarashi Bhatta (tua'r 8g) ei gyfeirio ato fel y testun olaf o Carvaka sydd wedi goroesi. Ymddengys i'r ysgol ddiflannu tua'r 15g.
Yn Hynafiaeth Glasurol orllewinol, roedd theistiaeth yn gred sylfaenol a gefnogodd hawl ddwyfol y Wladwriaeth (Polis, a'r Ymerodraeth Rufeinig yn ddiweddarach). Yn hanesyddol roedd un rhywun na gefnogodd duw'r wladwriaeth yn denu cyhuddiadau o anffyddiaeth, a oedd yn drosedd cyfalaf. Am resymau gwleidyddol, cafodd Socrates ei gyhuddo o fod yn 'atheos' ("gwrthod cydnabod y duwiau a gydnabuwyd gan y wladwriaeth") yn Athen yn 399 CC. Er y siars hon, honnodd fod wedi derbyn ysbrydoliaeth gan lais dwyfol (Daimon). Cysidrwyd Cristnogion yn Rhufain i fod yn tanseilio crefydd y wladwriaeth a chawsant eu herlid fel anffyddwyr. Felly defnyddiwyd y siars o anffyddiaeth, gan olygu tanseiliad crefydd, yn debyg i heresi ac annuwioldeb - fel offeryn gwleidyddol er mwyn cael gwared ar elynion.
Dechreuodd athroniaeth orllewinol ym myd Groeg yn y 6g CC. Nid oedd yr athronwyr cyntaf yn anffyddwyr, ond ceisiont egluro'r byd yn nhermau prosesau natur yn hytrach na hanesion chwedlonol. Roedd mellt felly yn ganlyniad o "wynt yn torri drwodd a gwahanu'r cymylau", a daeargrynfeydd yn digwydd pan "mae'r ddaear yn newid yn sylweddol gan gynhesu ac oeri". Roedd yr athronwyr cynnar yn aml yn beirniadu traddodiadau crefyddol. Dywedodd Xenophanes (6g CC) pe bai gan fuwch a cheffyl ddwylo "buasai'r ceffyl yn darlunio ffurfiau'r duwiau fel ceffylau, a'r gwartheg fel gwartheg." Honnodd athronydd arall, Anaxagoras (5g CC), mai "màs tanllyd, yn fwy na'r Peloponnese" ydoedd yr haul; daethpwyd a'r siars o annuwioldeb yn ei erbyn a gorfodwyd ef i gilio o Athen.
Cynhyrchwyd yr athroniaeth gwbl faterol cyntaf gan yr Atomwyr, Leucippus a Democritus (5g CC), a geisiodd egluro ffurfiad a datblygiad y byd yn nhermau symudiadau atomau ar hap mewn gofod anfeidraidd.
Yn y 5 CC dechreuodd y Soffyddion gwestiynu nifer o ragdybiaethau traddodiadol diwylliant Groeg. Dywedir i Prodicus o Ceos gredu mai'r "pethau sy'n wasanaethgar i fywyd dyn a ystyriwyd yn dduwiau," a datganodd Protagoras ar ddechrau llyfr "Wrth ystyried y duwiau ni allaf ddweud eu bod yn bodoli neu beidio."
Adnabyddir Diagoras of Melos (5g CC) fel yr "anffyddiwr cyntaf". Difenwodd drwy wneud y Rhyfeddodau Eleusiniaidd yn gyhoeddus a digalonni pobl rhag cael eu hynydu. Yn ddiweddarach (tua 300 CC), dywedwyd i'r athronydd Cyrenaidd Theodorus o Cyrene wadi fod duwiau'n bodoli, ac ysgrifennodd lyfr "Ar y Duwiau" yn cefnogi ei gredoau.
Cyhoeddodd Euhemerus (tua 330–260 CC) ei farn mai llywodraethwyr dwyfoliol, gorchfygwyr a sefydlwyr y gorffennol oedd duwiau yn unig, a bod y defodau a'r crefyddau yn hanfodol yn barhad o dyrnyoedd diflanedig a strwythurau gwleidyddol y gorffennol. Er y cafodd Euhemerus ei feirniadu'n ddiweddarach am "ledaenu anffyddiaeth ar draws yr holl fyd cyfannedd gan ddifodi'r duwiau", nid oedd ei ragolwg ef o'r byd yn un anffyddiol yn yr ystyr damcaniaethol llym, gan ei fod yn gwahaniaethu'r duwiau cyntefig gan eu cysidro'n "dragwyddol a diddarfod". Mae rhai haneswyr wedi dadlau mai anelu at ail-ddyfeisio ac atgyfodi'r hen grefyddau ydoedd, yng ngwynned dechreuad o ddwyfoliad llywodraethwyr gwleidyddol megis Alecsander Fawr. Cafodd gwaith Euhemerus ei gyfieithu i'r Lladin gan Ennius, yn bosib er mwyn gosod y ffordd ym Mythograffi ar gyfer y dwyfoliad a oedd wedi ei gynllunio ar gyfer Scipio Africanus yn Rhufain.
Roedd Epicurus (tua 300 CC) hefyd yn bwysig yn hanes anffyddiaeth. Tynnodd ar syniadau Democritus a'r Atomwyr, gan briodoli athroniaeth faterol lle caiff y bydysawd ei lywodraethu gan ddeddfau siawns heb yr angen am ymyrraeth ddwyfol. Er iddo ddweud fod duwiau'n bodoli, credodd nad oedd ganddynt unrhyw ddiddordeb ym modolaeth dyn. Amcan yr Epicuriaid oedd ennill heddwch meddyliol gan ddatgelu ofn llid dwyfol fel peth afresymol. Un o fynegiannau mwyaf huawdl Epicureaidd yw Ar Natur Pethau Lucretius (y ganrif gyntaf CC). Yn yr un modd ag Epicurus, roedd Lucretius yn cysidro duwiau i fod yn fodau perffaith nad oedd â diddordeb mewn materion dynol. Roedd yr Epicureaid hefyd yn gwadu bodolaeth bywyd wedi marwolaeth. Ni chafodd yr Epicureaid eu herlid, ond roedd eu dysgeidiaethau yn ddadleuol, ac ymosodwyd arnynt yn chwerw gan brif ysgolion Stoiciaeth a Neoplatoniaeth. Arhosodd y symudiad yn un ymylol, a diflannodd yn raddol tuag at ddiwedd yr Ymerodraeth Rufeinig.
Yn Islam ganoloesol, roedd athronwyr yn cydnabod y syniad o anffyddiaeth, ac yn ymosod ar anffyddwyr yn gyffredinol yn aml, er nad oeddent yn gallu enwi unrhyw anffyddwyr. Pan gyhuddwyd unigolion o fod yn anffyddwyr, hereticiaid oeddent mewn gwirionedd yn hytrach nag eiriolwyr anffyddiaeth. Un ffigwr nodweddiadol oedd Ibn al-Rawandi, athronydd o'r 9g, a oedd yn beirniadu'r syniad o broffwydoliaeth grefyddol, gan gynnwys un Muhammad; roedd yn haeru nad oedd credoau crefyddol yn dderbyniol i resymu a dylent gael eu gwrthod. Roedd eraill yn beirniadu crefydd ym myd Islamaidd, gan gynnwys y meddyg a'r athronydd, Abu Bakr al-Razi (865–925), a'r bardd Al-Ma`arri (973–1057).
Ni wyddys am unrhyw fynegiant clir o anffyddiaeth yn Ewrop yn yr Oesoedd Canol. Dywed y prif gymeriad yn saga Gwad yr Iâ, Hrafnkell, a ysgrifennwyd yn hwyr yn yr 13g Dwi'n meddwl ei fod yn ffolineb i gael ffydd mewn duwiau, wedi i'w deml i Freyr gael ei losgi, caiff ei gaethweision ac mae'n addo na wnâi fyth eto berfformio unrhyw aberth eto, disgrifiwyd hyn fel goðlauss "di-dduw" yn y saga.
Yn ardaloedd Cristnogol Ewrop cafodd pobl eu herlid am heresi, yn enwedig yn y gwledydd lle bu'r Chwilys yn weithgar. Ond mae Quinquae viae (Pum prawf o fodolaeth Duw) gan Thomas Aquinas a dadl fodegol Anselm yn cydnabod yn ymhlyg dilysrwydd y cwestiwn am fodolaeth duw. Cafodd y siars o anffyddiaeth ei defnyddio fel modd o ymosod ar eich gelynion gwleidyddol neu grefyddol. Wedi ei farwolaeth cafodd y Pab Boniface VIII, oherwydd iddo fynnu goruchafiaeth yr eglwys, ei gyhuddo gan ei elynion o ddal syniadau anffyddiaeth megis "peidio â chredu mewn anfoesoldeb na anllygradwyaeth enaid, na mewn bywyd i ddod."
Yn ystod cyfnod y Dadeni a'r Diwygiad Protestannaidd, daeth beirniadu'r sefydliadau crefyddol yn fwy cyffredin, ond nid oedd hyn yn anffyddiaeth.
Erbyn yr 1770au, roedd anffyddiaeth wedi stopio bod yn gyhuddiad peryglus a oedd angen ei wadu, ac yn esblygu i gael ei ddatgan yn agored gan rai. Mae'n bosib mai'r gwadiad o dduw a datganiad o anffyddiaeth gyntaf yn yr oesoedd clasurol oedd datganiad Paul Baron d'Holbach (1723–1789) yn ei waith The System of Nature ym 1770. Roedd d'Holbach yn gymeriad cymdeithasol ym Mharis a oedd yn cynnal salon enwog a gafodd ei fynychu ar led gan nifer o ddeallusion yr adeg, gan gynnwys Denis Diderot, Jean Jacques Rousseau, David Hume, Adam Smith a Benjamin Franklin. Er hyn cafodd ei waith ei gyhoeddi o dan ffugenw, a chafodd y llyfr ei losgi'n gyhoeddus.
Taflwyd y ffordd o feddwl anffyddiol i amlygrwydd gwleidyddol gan Chwyldro Ffrengig 1789, gan agor y ffordd i symudiadau Rhesymoliaeth, Meddwl rhydd a Rhyddfrydiaeth yr 19g. Cafodd y bardd rhamantus Percy Bysshe Shelley, a anwyd ym 1792, ei ddiarddel o Brifysgol Rhydychen ym 1811 am bamffled anhysbys i'r Deon yn hybu anffyddiaeth, The Necessity of Atheism. Shelley a ysgrifennodd y pamffled, a gysidrir ef gan athronwyr yn enghraifft gyntaf cyhoeddiad syniadau anffyddiol yn yr iaith Saesneg. Un dylanwad anffyddiol cynnar yn yr Almaen oedd Hanfod Cristnogaeth gan Ludwig Feuerbach (1804–1872). Dylanwadodd ef feddylwyr eraill anffyddiol yr 19g megis Karl Marx, Arthur Schopenhauer (1788–1860) a Friedrich Nietzsche (1844–1900).
Cafodd y meddyliwr rhydd Charles Bradlaugh (1833–1891) ei ethol i Senedd Prydain Fawr sawl gwaith, ond ni adawyd ef i gymryd ei sedd wedi iddo ofyn a'r gall gadarnhau yn hytrach na chymryd y dynged grefyddol (wedi hyn cynnigodd i gymryd y dynged, ond ni adawyd iddo wneud hyn chwaith). Wedi i Bradlaugh gael ei ail-ethol am y pedwerydd tro, gadawodd Llefarydd newydd y Senedd i Bradlaugh gymryd y dynged, a ni adawodd i unrhyw un wrthwynebu. Ef oedd yr anffyddiwr di-flewyn-ar-dafod cyntaf i eistedd yn y Senedd, a chymerodd ran yn niwygiad y Ddeddf Tynhgedau.
Ym 1844, ysgrifennodd Karl Marx (1818–1883), economydd gwleidyddol anffyddiol, ei Contribution to the Critique of Hegel's Philosophy of Right: "Religious suffering is, at one and the same time, the expression of real suffering and a protest against real suffering. Religion is the sigh of the oppressed creature, the heart of a heartless world, and the soul of soulless conditions. It is the opium of the people." Credai Marx fod pobl yn troi tuag at grefydd er mwyn lleihau'r poen a achoswyd gan realiti sefyllfaoedd cymdeithasol; hynny yw, roedd Marx yn cynnig mai ymgais i ragori'r cyflwr materol mewn cymdeithas — y boen o ormes dosbarthiadol — drwy mewn effaith, creu byd breuddwydiol, gan achosi i'r ffyddiwr crefyddol ddod yn gyfrifol i reolaeth gymdeithasol a'r ymelwad yn y byd tra bunt yn gobeithio am ryddhad a chyfiawnder ym mywyd ar ôl marwolaeth. Yn yr un traethawd, dywed Marx, "...an creates religion, religion does not create man..."
Mae'r athronydd blaengar o'r 19g, Friedrich Nietzsche, yn adnabyddus am gyfansoddi'r wireb "Mae duw'n marw" (Almaeneg: "Gott ist tot"); er na ddywedodd Nietzsche y frawddeg yn uniongyrchol, ond defnyddiwyd gan gymeriadau yn ei waith. Dadleuodd Nietzsche fod theistiaeth Gristnogol fel system ffydd wedi bod yn sylfaen i'r byd gorllewinol, ac y buasai gwrthod a chwymp y sefydliad hwn oherwydd ffordd o feddwl cyfoes yn achosi cynnydd mewn nihiliaeth neu ddiffyg gwerthoedd. Er bod Nietzsche yn anffyddiwr cryf, roedd hefyd yn poeni am yr effeithiau negyddol y gall nihiliaeth ei gael ar ddyn. Gofynnodd felly i'r hen werthoedd gael eu hailwampio er mwyn creu gwerthoedd newydd, gan obeithio y buasai dyn wrth wneud hyn yn cyrraedd cyflwr uwch, a labelodd fel Overman.
Derbyniodd anffyddiaeth yn yr 20g gydnabyddiaeth mewn ystod ehangach o athronyddiaeth, megis dirfodaeth, Gwrthrychiaeth, dyneiddiaeth seciwlar, nihiliaeth, positifiaeth resymegol, Marxiaeth, ffeministiaeth, ac yn y symudiad rhesymolwyr a gwyddoniaeth gyffredinol. Roedd Neopositifiaeth ac athroniaeth ddadansoddol yn gwaredu â'r rhesymeg glasurol a metaffiseg o blaid empiriaeth ac epistemoleg enwolaeth lem. Roedd hyrwyddwyr megis Bertrand Russell yn gwrthod yn bleidleisiol unrhyw gred mewn Duw. Yn ei waith cynnar, ceisiodd Ludwig Wittgenstein wahanu iaith oruwchnaturiol o areithiau rhesymegol. Cafodd Mencken wared ar y syniad nad oedd gwyddoniaeth a chrefydd yn gydnaws, ac ar y syniad fod gwyddoniaeth yn fath o system ffydd ddogmatig yr un fath ac unrhyw grefydd arall.
Yn ystod y Rhyfel Oer, roedd yr Unol Daleithiau yn aml yn disgrifio eu gwrthwynebwyr fel "Comiwnyddion Annuwiol", gan dueddi i atgyfnerthu'r farn fod anffyddwyr yn annibynadwy ac yn anwladgarol. Yn erbyn y cefndir hwn y cafodd y geiriau "o dan Dduw" eu hychwanegu i'r llw teyrngarwch ym 1954, a newidiwyd yr arwyddair cenedlaethol o E Pluribus Unum i In God We Trust (Yn Nuw Ymddiriedwn) ym 1956. Efallai mai Madalyn Murray O'Hair oedd yr anffyddiwr Americanaidd mwyaf dylanwadol; daeth ag achos Murray v. Curlett i'r Llys Goruchaf ym 1963 gan wahardd gweddi orfodol mewn ysgolion cyhoeddus.
Mae anffyddiaeth a seciwlariaeth wedi parhau i gael ei hyrwyddo yn y byd gorllewinol yn ystod y 21ain ganrif gynnar. Mae consensws cyffredinol fod y nifer o bobl sydd ddim yn perthyn i unrhyw grefydd arbennig wedi cynyddu. Mae cymdeithasau di-elw megis y Freedom From Religion Foundation, sy'n hyrwyddo gwahaniad crefydd a'r wladwriaeth, a'r Brights movement sy'n anelu i hyrwyddo dealltwriaeth gyhoeddus a chydnabyddiaeth golwg naturiolaidd o'r byd. Mae hefyd llawer o lenyddiaeth gwrth-theistiad a seciwlariaeth wedi dod ar gael yn gyffredin, a nifer o hyn wedi dod yn werthwyr gorau gan lenorion megis s Sam Harris, Daniel Dennett, Richard Dawkins a Christopher Hitchens. Mae hyn wedi arwain at symudiad o "anffyddwyr newydd", term sydd wedi ei newydd fathu sy'n aml yn cael ei ddefnyddio yn erbyn anffyddiaeth, i labelu beirniaid di-flewyn-ar-dafod theistiaeth yn negyddol.